2011年7月28日，北京市医院管理局挂牌成立，北京市医疗机构“管办分开”工作正式启动。新成立的北京市医管局将专职统管包括北京中医医院在内的22家市属三级医院，负责市属公立医院国有资产管理和监督、医院主要负责人的聘任，指导所属医院管理体制和运行机制改革等。
据悉，成立医管局、实行“管办分离”是北京市公立医院改革的第一步。第二步将实行“政事分开”，医管局将向市属医院派驻监事会，监事会对医院的经营管理、财务管理和医疗服务行为进行监督。医院实行监事会监督下的院长负责制，医管局负责聘任院长。院长拥有对医院人财物充分的调配权，接受医管局严格的目标管理和考核。针对“以药养医”的现状，北京市医管局成立后，还将继续探索第三步“医药分开”，让医务人员的收入与其技术、能力、水平、职称、劳动时间挂钩，而非与药品加成、大处方挂钩，从而真正减少过度医疗、抗生素滥用等情况。