对因治疗（etiological treatment）用药目的在于消除原发致病因子，彻底治愈疾病称为对因治疗，或称治本，例如抗生素消除体内致病菌。
对因治疗与中医治病求本意同，即针对疾病发生、发展的根本原因进行治疗。“因”字涵义较广，除了六淫、七情、饮食劳倦等外，还包括疾病过程中产生的某些左右疾病发展的因素。比如气郁、瘀血、痰饮、虫积之类，虽不在“三因”之列，但常视为疾病在某一发展阶段的主导因素而成为治疗的主要对象或唯一对象。现代医学的病因分类，从性质上分为机械性的、物理性的、化学性的、生物性的；从哲学上分为内部原因（机体免疫、防御功能低下等）和外部原因（机械的、物理的、化学的，生物的等）。
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